上海申花在无缘中超争冠组之后，球队就已经沦落到保级组。申花沦落到保级组之后，俱乐部做出的第一个决定，就是让毛毅军正式留队执教。毛毅军在崔康熙下课之后，就火线接手球队，这是让很多球迷都觉得意外的事情。因为此前毛毅军一直在申花担任助理教练，并没有成为了球队主教练。申花要是外籍主教练带队战绩不佳，球队想到的第一救火人选是吴金贵。
所以毛毅军在申花一直处于默默无闻状态，直到崔康熙下课后，吴金贵又在青岛队执教回不来。申花就抱着试一试的态度，让毛毅军出任了球队救火主帅。毛毅军在刚接手申花后，前两场带队表现还不错，取得了连战连胜的战绩。此时就有申花球迷认为俱乐部早就该请毛毅军执教了，正当申花球迷夸赞毛毅军时，现实就给他泼了一盆冷水。
毛毅军没有带领申花在中超保级组关键比赛中战胜国安，而且还以1比3完败给了对手。最终申花无缘晋级中超争冠组，让很多球迷都觉得非常遗憾。毛毅军已经被认为是下课热门，没想到申花俱乐部高层还是力挺毛毅军。毛毅军继续带申花执教，说明球队已经无欲无求。申花在进入联赛保级组后，球队提前保级的问题不大。
申花确认留下毛毅军之后，毛毅军就将打造全新的球队。毛毅军在申花比赛中，将重点启用年轻球员。一些在申花第一阶段踢不上比赛的球员，都会被重用。重点是一些有潜力的小将。因为申花一直想在这两个赛季完成新老交替，只可惜崔康熙在接手申花之后。不喜欢用年轻球员，让球队新老交替的步伐就变得缓慢。好在崔康熙下课之后，毛毅军接手了申花。毛毅军有重用年轻球员的决心，希望申花年轻球员能抓住机会在比赛中集体挑起大梁，相信届时球队小将的发挥不会让球迷失望。