博格巴作为曾经的世界顶级中场，一度和皇家马德里传出转会绯闻，但最终双方只能分道扬镳，博格巴最令人所熟知的事迹莫过于他和主教练穆里尼奥之间的恩怨情仇。他曾是穆里尼奥手下最大牌的球员，也是穆里尼奥最得意的弟子之一，两人在夺得小三冠王时期曾有过十分甜蜜的岁月，可惜这样一对师徒最后却是闹剧收场，多年来博格巴依旧对穆里尼奥充满怨气，而穆里尼奥也依旧对博格巴耿耿于怀。
在之前接受采访时，博格巴明确表示，穆里尼奥比索尔斯克亚差远了，他就喜欢和球员对着干，他不是一名合格的主教练。这样的评价十分犀利，也让人看出博格巴和穆里尼奥之间的矛盾已经不可调和。让我们把时间拨回2016年8月19日，博格巴以超过9,000万欧元的身价来到曼联，此时的穆里尼奥刚刚出任曼联主教练不久。
穆里尼奥不止一次向外界表示，他将会把博格巴当做核心培养。但是经过一段时间的相处，穆里尼奥和博格巴之间的矛盾逐渐凸显出来，博格巴个性自由，而且多次违背主教练意愿，穆里尼奥作为一名较为强调主教练权威的主帅，很难接受博格巴这样的行为。
球队主帅想要对战术完全掌控，就必须树立场上权威。可惜此时的博格巴并不打算给穆里尼奥面子，尤其是在与曼城的比赛后，博格巴并没有从失利中总结经验教训，而是一直同队友嘻嘻哈哈，这让穆里尼奥十分不满，在面对媒体时直接表示博格巴已经成为队内毒瘤，这使得双方关系即转直下。穆里尼奥作为主帅不得不牺牲博格巴树立威信，但博格巴作为队伍头牌，绝对不会就此善罢甘休。
训练场上的怒目而视只是冰山一角，二人之间的矛盾已经激化。不可调和，虽然穆里尼奥剥夺了博格巴第2队长的资格，但博格巴依旧是球队高层要力保的对象，主教练可以更换，但博格巴一定要坐稳首发，这也是穆里尼奥黯然下课的原因之一。这个决定在现在看来是多么的愚蠢，但是在当时那个阶段，真的很难送走博格巴，也不愿意送走他，那时的他的确是风光无限，天赋满满，让人会有无限的遐想。
其实在执教曼联期间，穆里尼奥的表现并不差，如果不是博格巴从中作梗，穆里尼奥说不定能够率领曼联完成复兴，不需要经过索尔斯克亚的折腾。时间总会证明一切，如今看来，当年的红魔管理层在选择穆里尼奥还是博格巴时，犯了巨大的错误，也让他们遗憾不已。博格巴并不适合作为建队核心，而穆里尼奥却是一名合格的主帅，如果当时继续由穆里尼奥带队，现在球队也不会是这个样子，而球队现在仍旧要处理博格巴。据悉，曼联现在仍然为今夏博格巴离队做打算，或许可以这么说，曼联欠穆里尼奥一个道歉，而博格巴更是如此。